Nižší stupeň školy, pozostávajúci z 5. a 6. ročníka, tvorí rozhodujúci základ pre adaptáciu na nový typ školy. V týchto dvoch ročníkoch majú žiaci možnosť aktívne si všetko vyskúšať a plynule prejsť do nového školského prostredia a nových predmetov. Keďže komplexná škola ponúka všetky maturitné predmety, žiaci sa v tejto fáze ešte nesústreďujú na rozhodovanie o konkrétnej maturitnej kvalifikácii. Namiesto toho si môžu intenzívne testovať svoje zručnosti a prípadne sa venovať aj druhému cudziemu jazyku.
Okrem obsahových aspektov vyučovacích predmetov sa v nižších ročníkoch školy venuje osobitná pozornosť rozvoju stratégií učenia. Zintenzívnenie samostatného zapájania sa do predmetu je nevyhnutné, aby bolo možné cielene podporovať jednotlivé zručnosti. Tento aspekt sa v nižších ročníkoch praktizuje obzvlášť intenzívne.
V nižších ročníkoch sa pozornosť sústreďuje aj na osvojenie si sociálnych zručností. Aktívne sa nacvičuje tímová práca, aby žiaci dokázali v ďalšej školskej kariére efektívne spolupracovať s ostatnými a využívať vzájomnú výmenu skúseností.